本论文虽然做了大量的工作，但是总体仍然有不少问题，有以下意见供参考：

Q1:题目可以简单点，不用突出“基于生物信息学与分子生物实验相融合”；论文排版也需要调整，目前很粗糙。图和图注需要尽可能在一页。“Day 1” 建议这样写。Western blot的结果质量不高，勉强能够说明问题。

A1:题目突出的“基于生物信息学与分子生物实验相融合”是本文最具有创新性的点，个人认为可以保留，论文排版粗糙，图和图的位置以及部分图例书写格式已调整，WB的结果是本研究实验验证的其中一部分，有所欠缺但确实是目前位置，能提供的最有代表性的试验结果。

Q2:ceRNA 在摘要里需要给出全称。

A2:已按照专家意见，调整摘要中ceRNA为全称。

Q3:“通过倒置荧光显微镜和 RT-qPCR，我们证实了在 H157 和 A549 细胞系中 成功构建了 lncRNA-AL022344.4 的过表达”， 倒置荧光显微镜怎么可能可以证实构建成功呢？

A3:我们采购的慢病毒都是带荧光基因片段的，倒置荧光显微镜中观察到的绿色荧光和红色荧光说明慢病毒成功进入细胞内，QP的结果是为了验证目的基因过表达和敲低的效率，我们认为基于这两者的共有结果，能够说明选用肺腺癌细胞系中目的基因的过表达和敲低模型的成功构建。

Q4:“A549 和 H157 细胞的恶性增殖”，如何评估是恶性增殖？

A4:A549 和 H157 是分子生物基础研究中常用的肺腺癌细胞系，恶性增殖指的是细胞失去正常的生长控制机制，导致无限制地增长和分裂，这是癌症的典型特征。我们认为肺腺癌细胞本身带有恶性增殖属性。本实验中引入的CCK-8实验和克隆形成实验是我们评估细胞增殖能力和维持生长所需的自我复制能力的一种方法。

Q5:为什么切入到TGF-Beta信号通路? 建议作者进行说明！

A5:文章详述了两个切入TGF-Beta信号通路原因，一是我们前期的表型研究发现目的基因会导致细胞迁移侵袭发生改变，并且EMT相关的指标随之改变，EMT和TGF-Beta经典信号通路之间有很详实的研究结论。二是我们通过生信分析，发现随七个经实验验证的mirna的潜在下游目的mRNA高置信度合集进行蛋白质互作网络分析后，TGF-Beta信号通路出现了明显的聚拢特性，其中的几个关键分子，包括但不限于SMAD3\SARA\TGFBR2都作为关键节点出现。基于以上原因，我们考虑和选择切入到TGF-Beta信号通路。

Q6:lncRNA-AL022344.4敲除的小鼠是否有表型？建议作者查找文献。

A6:AL022344.4敲除小鼠表型结果没有既有的文献报告，我们的课题组跟进建立了裸鼠的体内目的基因过表达和敲低模型，目前进度正常，后期会补充实验结果。

Q7:中文摘要建议浓缩一下，科学问题清晰的点出来，材料方法简单的说明一下，给出结果和分析，最后是结论，尽可能考虑一下逻辑；英文摘要重新写，目前很粗糙。

A7:中文摘要和英文摘要已经按照专家意见重新撰写。

存在的问题如下：

Q1:英文摘要中，部分语句不通顺，需要仔细检查并认真修改。

A1:英文摘要已经按照专家意见重新撰写。

Q2:第29页，扩增条件表格中的循环次数40循环不应包括预变性步骤。

A2:第29页，扩增条件表格已经按照专家意见调整。

Q3:在”2.1 LINC01518 基因具有成为肺腺癌“致癌基因”的潜力“内容中，需要用表格列出生信分析具有显著差异的26 个 lncRNA。

A3:已按照专家意见，补充26个lncRNA表格。

Q4:在第39页”1.1.2 慢病毒制备“内容中需要详细描述对靶基因敲低以及过表达重组表达载体的构建过程，并需要给出相对应的实验证实数据。

A4:第39页，已添加对靶基因敲低以及过表达重组表达载体的构建过程图示，对应的实验证实数据来源于慢病毒供应商。

Q5:在第41页的表格中”完整目的基因序列（519bp）“，需要在表格的下方给出对应的全序列

A5:已按照专家意见，补充目的基因完整全序列碱基（519bp）详情。

Q6:在第55页” 图3.荧光镜下观察效果与RT-PCR检测的结果“中，如何解释A图中几乎没有差异，而在B图中则有显著性差异？

A6:我们采购的慢病毒都是带荧光基因片段的，A图倒置荧光显微镜中观察到的绿色荧光和红色荧光说明慢病毒成功进入细胞内，B图QP的结果是为了验证目的基因过表达和敲低的效率，我们认为基于这两者的共有结果，能够说明选用肺腺癌细胞系中目的基因的过表达和敲低模型的成功构建。

Q7:在所有的显微镜拍照图片中，缺乏参照标尺

A7:按照实验室图例标准，我们只在动物切片IHC和HE镜下切片中引入参照标尺，因为需要鉴别不同观察倍数，其余的显微镜拍照图片中未引入标尺，但后期会做补充更新。

Q8:在第69页，”1.2.4 Real-time qPCR 构建“内容中，仅写出miRNA 第一链 cDNA 合成，后面缺少对应的PCR组份与程序内容。

A8:已按照专家意见，补充对应的PCR组份与程序内容。

Q9:在第70与第77页，”1.2.7 lncRNA 基于 ceRNA 理论的潜在作用分子探索“中，以及”图 7 基于 ceRNA 机制的 lncRNA-AL022344.4 潜在作用分子预测和实验验证“ 需要用表格列出7个ceRNA的序列，同时需要给出验证的定量PCR曲线图以及列出对应的Ct值。

A9:七个mirRNA的列表在图8A部分有体现，具体的miRNA定量PCR曲线图以及对应的CT值按照专家意见补充更新。

Q10:在第77页中的”2.4 利用生物信息学方法对 lncRNA-AL022344.4 基于 ceRNA 机制的潜在作用分子探索“中，有部分表述不通顺

A10:已按照专家意见，调整该部分内容的表述语序。

Q11:在第80页中，对检测的基因”采用双荧光素酶报告实验法在 293T 细胞中验证“，需要详细描述双荧光素酶报告基因重组表达载体的构建，其中包括靶基因启动子的序列与制备等。

A11:我们通过合作的供应商采购了双荧光素酶报告基因重组表达载体的构建，其中包括靶基因启动子的序列和制备均来自于供应商，已按照专家意见补充更新。

Q12:作者在第 四 部 分内容中，其中Real-time qPCR 引物标注参考第一部分1-4，但第一部分中没有该内容，同时需要指出的是，由于该部分研究的靶基因不同于第一部分，显然实验部分也应该于第一部分不同。

A12:已按照专家意见，重新将错误的标注参考重新修正。